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 PloS One:采用血浆样品检测LncRNA,率先发现LncRNA广泛存在于血浆
      北京大学基础医学院李丹华、陈庚课题组利用lncRNA芯片,研究HF及正常小鼠心脏、全血、血浆中的lncRNA表达变化及其与蛋白编码基因表达的联系。最新研究发现,HF小鼠lncRNA表达模式与正常小鼠不同;HF小鼠血浆的lncRNA表达模式与心脏、全血及正常小鼠血浆不同甚至相反。研究人员首次采用血浆样本进行lncRNA芯片研究,率先发现lncRNA广泛存在于血浆中。结果表明,lncRNA可积极应对压力,从而作为HF诊断和治疗的生物标志物。该研究成果发表于PLoS One。
 
研究背景:
      lncRNA是一类超过200个碱基的长链非编码RNA,近年来许多lncRNA被证明有着重要功能。LncRNA相关的功能失调在许多疾病中起着重要作用,包括癌症,心血管疾病及神经退行性疾病。心力衰竭(HF)是一种有着高发病率与致死率的临床综合症,有着复杂的遗传基础,许多mRNA及miRNA可作为其生物标志物或治疗靶点,然而,lncRNA的作用仍有待揭示。李丹华、陈庚研究团队以HF小鼠为模型,研究其心脏、全血、血浆中lncRNA的表达模式。
 
研究思路:

      该课题组使用Arraystar Mouse LncRNA Microarray V2.0芯片分析,来研究HF及正常小鼠心脏、全血及血浆lncRNA的表达模式,并通过RT-PCR验证差异表达显著的基因。研究发现,HF小鼠lncRNA表达模式与正常小鼠不同;HF小鼠血浆的lncRNA表达模式与心脏、全血及正常小鼠血浆不同甚至相反,进一步研究显示,HF小鼠血浆lncRNA表达模式几乎与全血一致,而约50%与心脏相反,说明血浆lncRNA并非来自简单扩散或是HF的被动结果,而是来自心脏和其他组织的主动运输,其可以作为HF诊断和治疗的生物标志物。
      为了研究lncRNA的功能特征,研究者分析了差异表达的lncRNA与蛋白编码基因的联系,并对其进行了分类,结果发现,在HF小鼠心脏、全血及血浆,50%的lncRNA与其所关联的蛋白编码基因无重叠,40%为正链或负链重叠,不到10%与蛋白编码基因以head to head方式存在。研究还发现,除HF小鼠血浆样本外,其它样本lncRNA的表达量均与其长度相关,尤其是与蛋白编码基因以负链重叠或head to head方式存在的lncRNA。
      为研究HF相关的lncRNA及蛋白编码基因的表达,研究者进行了mRNA芯片分析,发现在HF小鼠中,大部分正链重叠的lncRNA表达模式与其关联的蛋白编码基因一致,表明这些lncRNA可能调控蛋白编码基因的表达。

 
研究意义:
      本研究首次采用血浆样本进行lncRNA芯片研究,揭示了lncRNA广泛存在于HF小鼠血浆中。其特殊的表达模式表明lncRNA可积极应对压力,从而作为HF诊断和治疗的生物标志物。
 
原文出处:
Transcriptome Analysis Reveals Distinct Patterns of Long Noncoding RNAs in Heart and Plasma of Mice with Heart Failure. PLoS One. 2013.
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