若仅从芯片数据角度来看，MYC基因未发生显著的差异表达。但利用Pathway Studio分析计算出受MYC调控的下游基因大部分发生了显著的差异表达，这暗示MYC在肝脏癌变中发挥作用的方式可能发生在翻译或翻译后修饰水平上。此发现为科研人员接下来的研究提供了参考方向。
3. Cytoscape 分析
a. 差异表达基因与蛋白-蛋白相互作用(protein-protein interaction, PPI)网络的关联
我们通常在（表达谱）芯片分析后得到大量的差异表达基因。利用Cytoscape软件及其插件，能够获取这些差异表达基因之间，或差异表达基因与其它相关联基因的蛋白-蛋白相互作用网络。
我们利用Cytoscape插件整合目前网络上主流的几个蛋白相互作用数据库（BIOGRID, INTACT, MINT, DIP, BIND, HPRD）的数据，对于我们感兴趣的基因给出相关的蛋白相互作用网络。分析时使用的PPI数据是经过实验验证的，针对几个模式生物，包括拟南芥，秀丽线虫，果蝇，人，小鼠，大鼠，酿酒酵母，粟酒裂殖酵母。
举例来说：
以下是在人的表达谱芯片分析中得到的556个差异表达基因（Fold Change>=1.5, P-value<=0.05）的一部分，包括GeneSymbol，Fold Change，P-value<=0.05三列。
对于这556个基因，利用cytoscape及其插件分析后，获得了一个由1792个节点及8320条边组成的蛋白-蛋白相互作用网络。粉红色的节点代表差异表达基因，蓝色的节点是这些差异表达基因的第一步邻居蛋白/基因。两个节点间的边表示它们相互作用。图中孤立的节点表示没找到与其作用的蛋白。
b. 蛋白-蛋白相互作用网络中的核心基因
利用Cytoscape的插件，对我们以上得到的PPI网络分析其中的核心基因。对于网络中的基因计算其各种图形理论参数，包括Degree, BottleNeck, EPC, MNC，DMNC，DSS和MCC。这些利用不同算法计算出的参数，从不同方面反映了节点在整个网络中的地位。
举例说明：
通过DSS值排序得到的前十位的关键基因有：DIS3, STXBP3, MPP6, PGF, FCER1G, POP7, RHOG, ESRRG, SNRPB2, ACTA2.
这十个关键基因和它们的邻居节点组成了一个包括64个节点和171条边的子网络，如下所示。图中黄色的节点表示关键基因。
